El ICSO Paraguay ejecuta proyectos adjudicados y financiados por CONACYT. Los proyectos que están en proceso de ejecución son: “Conceptualización de ciencia, tecnología e investigación científica en preuniversitarios y egresados universitarios del Paraguay”. Coordinado por Sergio Cáceres. Y el segundo proyecto es  “La otra cara del ‘crecimiento’. consecuencias del sistema de producción de soja en la exclusión social de comunidades rurales desfavorecidas de Caaguazú” bajo la Coordinación de Marcelo Bogado.